历史故事《搜神记》原本已散，今本系后人缀辑增益而成，20卷，共有大小故事454个。所记多为神灵怪异之事，也有一部分属于民间传说。其中《干将莫邪》、《李寄》、《韩凭夫妇》、《吴王小女》、《董永》等，暴露统治阶级的残酷，歌颂反抗者的斗争，常为后人称引。
故事大多篇幅短小，情节简单，设想奇幻，极富于浪漫主义色彩。后有托名陶潜的《搜神后记》10卷和宋代章炳文的《搜神秘览》上下卷，都是《搜神记》的仿制品。《搜神记》对后世影响深远，如唐代传奇故事，蒲松龄的《聊斋志异》，神话戏《天仙配》及后世的许多小说、戏曲，都和它有着密切的联系。
《搜神记》内容十分丰富，有谶纬神学、有神仙变幻，有精灵物怪，有妖祥卜梦，还有人神、人鬼的交通恋爱，等等。其中保留了相当一部分西汉传下来的历史神话传说和魏晋时期的民间故事，优美动人，深受人们喜爱。神话，如卷十四的“盘瓠神话”，是关于古时蛮族始祖起源的猜测;“蚕马神话”是有关蚕丝生产的神话。历史传说，如卷十一“干将莫邪”讲述的复仇故事;卷十六紫玉传说，讲吴王小女的生死爱情。民间故事，如卷十一“东海孝妇”，讲孝妇周青蒙冤的故事;韩凭夫妇的传说则歌颂了忠贞不渝的爱情;卷一仙女下嫁董永的故事也是如此。这些故事是《搜神记》的精华所在，历代长传而不衰。
《晋书·干宝传》说他有感于生死之事，“遂撰集古今神祇灵异人物变化，名为《搜神记》。”
