历史故事日俄战争期间，清政府保持中立，而实际上无论是政府官员还是一般百姓，鉴于沙俄对东北的侵占和不按期撤兵，是倾向日本一边的。正如吴玉章所说：“人们对沙俄的痛恨，还把同情寄予日本方面，听到日本方面打了胜仗，大家都很高兴。”王芸生也曾说过同样的话：“中国久受俄人凌虐，故当日俄战争期中，一般皆怀兄弟急难之义，虽云中立，在精神上和物质上均为日本之助。”作为政府官员的袁世凯也是这样，他表面中立，实则偏向日本，而且还为日本提供一些人员方面的支持，如派吴佩孚与日本情报人员一起，深入东北地区，为日本收集情报等。
日俄战争期间，清政府保持中立，而实际上无论是政府官员还是一般百姓，鉴于沙俄对东北的侵占和不按期撤兵，是倾向日本一边的。正如吴玉章所说：“人们对沙俄的痛恨，还把同情寄予日本方面，听到日本方面打了胜仗，大家都很高兴。”王芸生也曾说过同样的话：“中国久受俄人凌虐，故当日俄战争期中，一般皆怀兄弟急难之义，虽云中立，在精神上和物质上均为日本之助。”作为政府官员的袁世凯也是这样，他表面中立，实则偏向日本，而且还为日本提供一些人员方面的支持，如派吴佩孚与日本情报人员一起，深入东北地区，为日本收集情报等。
5、中国税关之新设。凡满洲陆路输入外国货物，须征之某输入税，宜于国境地方及内地重要都府新设税关。
6、教育机关之新设。欲图人民知识之发达，宜于各都市新设学堂，授以外国语及普通教育，渐次进于高等教育。
袁世凯的东北政策，实际上是他对东北全面进行改革的方案，包括东北地区由军府制改为行省制的改革，全面进行政治、军事、经济、教育等方面的改革，即全面推行新政，将早期现代化拓展至东北地区，以和内地相一致;还包括开放东北，正确处理和外国的关系等。袁世凯改革东北的方案，对于在东北推行新政，加强对东北的治理、建设，以改变东北的落后面貌，巩固东北的国防，抵制外国对东北的侵略，均有着极其重要的意义。这个改革方案，是面对沙俄对东北侵占即将结束而提出来的，因此是非常及时的。袁世凯改革东北的方案，由于沙俄没有如期撤兵和随后的日俄战争爆发而没有能够实现，但它却是全面改革东北的先声，对以后的改革产生了重大影响。
日俄战争爆发后，清政府由于自身的软弱和无奈，不得不选择了局外中立。局外中立是袁世凯提出和具体负责实施的。这在当时来说也是出于无奈，不过即便局外中立，也需要一定的实力准备，正如袁世凯所说，“就我现在情事而论，不得不谨守局外，然公法局外之例，以遣兵防边，不许客兵借境为要义。防之不力，守局立隳，不但人之溃卒，我之土匪，必须认真防堵，而两大抅兵，逼处堂奥，变幻叵测，亦不得不预筹地步”。他在给清廷提出的局外中立国所负责任要点中有这样一条：“局外者，不得允战国借境攻敌，如无力阻止，亦为背局外之责，敌国即可引兵入境，自行抵御。”袁世凯将北洋新军开赴战区，严守中立区域，密切注视着战局的发展变化。不过清政府的中立，是有着原则性的前提条件并向各国严正声明的，即“东三省疆土权力，无论两国胜负，仍皈中国自主，不得占据”。
这里还有一个问题需要说明，即清末袁世凯对日本的认识问题。袁世凯在任职于朝鲜12年的主要使命，即秉承李鸿章和清廷的意旨，维护中、朝传统宗藩关系，抵制日本和其他列强向朝鲜的渗透。袁世凯在完成这一使命时有得有失，但总体上说他对日本是有着一定认识的，对日本的抵制是非常明显的。1882年，袁世凯参加了平定朝鲜“壬午兵变”的军事行动。
1884年，袁世凯又亲自指挥中国军队平定了“甲申政变”，粉碎了日本扶持开化党颠覆政府脱离中国的企图。正因为如此，甲申事变后中、日两国谈判，日本代表提出要对袁世凯进行严惩。袁世凯在任职驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣期间对朝鲜的积极经营，促使中朝贸易额激增，1885-1893年间竟增长了6倍多，而同一时期的日朝贸易额仅增长2倍。日本人惊呼，“我国商人与中国商人在朝鲜的竞争优势已失，朝鲜大量的商业利益从我国商人手中转向中国”。这对野心勃勃要侵占朝鲜的日本来说是决不甘心的，终于在1894年发动侵朝侵华的中日战争，打败中国，吞并朝鲜。而袁世凯由于对日本侵略的抵制和对中国权益的维护而被日本视为仇敌，日本政府“以执政亲中国，疑朝鲜拒日，皆中国驻朝总办袁世凯所为，殊怨袁”，对袁世凯“憾之刺骨，百般排陷之”。
然而，日本是不以占领朝鲜为满足的，下一步的目标就是侵占中国，而侵占中国首先要占领中国东北。早在1890年，日本内阁总理山县有朋就抛出《外交政略论》，提出主权线和利益线的新概念，“何谓主权线，即国家的疆土是也;何谓利益线，即与我国主权线安危相系的相关地区”;“我国利益线的焦点有三，即朝鲜、西伯利亚铁道和中央亚细亚是也”。侵略中国和朝鲜是日本明治维新以后对外扩张的既定目标，山县把朝鲜和中国作为日本利益线的焦点，只不过进一步确认日本政府的国策而已。沙俄利用八国联军侵华期间单独出兵中国东北，与日本向这一地区的扩张是相抵触的，日俄矛盾激化，最终导致日俄战争的爆发。
日俄战争期间，清政府保持中立，而实际上无论是政府官员还是一般百姓，鉴于沙俄对东北的侵占和不按期撤兵，是倾向日本一边的。正如吴玉章所说：“人们对沙俄的痛恨，还把同情寄予日本方面，听到日本方面打了胜仗，大家都很高兴。”王芸生也曾说过同样的话：“中国久受俄人凌虐，故当日俄战争期中，一般皆怀兄弟急难之义，虽云中立，在精神上和物质上均为日本之助。”作为政府官员的袁世凯也是这样，他表面中立，实则偏向日本，而且还为日本提供一些人员方面的支持，如派吴佩孚与日本情报人员一起，深入东北地区，为日本收集情报等。加上他这一时期在北洋以日本为榜样，大力推行新政，聘请了一大批日本军事、警政、教育等方面的人员为教官和教习，对日本表示友好，因此一些日本人把他作为亲日派来看待，“那么就有这样一个结论，袁世凯被划入亲日派的巨头之中”。“日本外交官和军人都把他视为独一无二的朋友”，“在当今中国没有比袁更高明的人才，中国政府今后必定归他掌管，因此，现在如拥护他的立场，他则必定感恩戴德，更加采取亲日主义”。而实际上，袁世凯是一个非常讲求实际的实用主义者，在1898-1907年间所谓的中日关系“黄金十年”的大环境中，他有亲日的倾向是很正常的。但袁世凯决不是一个亲日派，当时是一个具有一定民族情感的官僚，日俄战争之后他对东北主权的维护和对日本侵略的抵制就是很好的说明。
日俄战争以日胜俄败而告结束。战争一结束，袁世凯就迅速做出反应，立即派军队和行政官员接受地面，恢复行使中国主权。他说：“日俄方分期撤兵，清理地面为目下第一要义，而已撤之区，必须以全力保其治安，方免丛生枝节。惟日人新胜甚骄，狡计孔多，又须审慎详筹，方能有济。”袁世凯奏调张勋率北洋巡防淮军10营开进东北，以接收地面。他在奏陈中说：“东三省日本军队已撤地方，照约应由中国酌派军队，以资治安。现奉天北路日军次第撤退，业经臣商明盛京将军赵尔巽，派正任四川建昌镇总兵张勋，督率所统淮军马队驰往，驻扎昌图府一带。”在日本阻止中国军队一时还不能进入东北的情况下，“是遣陆军入其界内，恐一时尚办不到，日人之作梗如此”。袁世凯主张采取灵活变通的办法，将军队秘密派往。他的办法是：“拟在陆军内随时密□，将弁头目零星改装前往，再由关内招募壮丁，只杂入赴东苦工内陆续东行，先成一二营至五六营，编伍训练，或托名巡警，或托名巡防，如日军不生阻扰，便可竭加增添，倘其猜疑作梗，再另行筹商。”袁世凯还认为，为保证此项办法得以实施，必须严守秘密，暗自操作，即不必请示清廷，“此为相机试办之法，只无确切把握，暂不必具折奏明。只不必多用文牍，恐有泄露，重生阻力”。袁世凯采取非常的手段收复东北主权，而且为了减少麻烦，严守秘密，不向清廷汇报，只求收复失地的效果，这种行为是无可厚非的。像袁世凯这样积极收复东北主权，当时在满汉官员中是不多见的。
日俄战争之后，1906年11月7日，中日两国在北京会商，实际上是确认沙俄转让给日本在“南满”的权益。中方的谈判代表为：全权代表军机大臣兼总理外务大臣庆亲王奕匡，军机大臣兼署外务部尚书瞿鸿禨，直隶总督兼北洋大臣袁世凯。随员为署理外务部右侍郎唐绍仪、商部右参议杨士琦、外务部右丞邹嘉来、翰林院检讨金邦平、商部主事曹汝霖。谈判伊始，奕匡就以年老事冗为词而离席，在以后的谈判中多请病假。瞿鸿则很少发言，中方谈判的全权代表实际上为袁世凯。谈判的大局是确认日本从俄国转来的中国“南满”权益，这是任何人也扭转不了的。但袁世凯等在谈判中，在承认日本获取权益的同时，极力限制和防止日本在东北权益的扩张。谈判伊始，日本代表先发制人，拿出一个十一条大纲作为谈判的基础。这个十一条大纲，除第1条日、俄军队撤出后由中国在该地方布置行政机关以维持地方秩序，第11条“满韩”交界陆路通商彼此应按照待最优国之例办理，第6条中国承认俄国转让给日本的“南满”利益外，其余8条或是对中国主权的干涉，或是对中国权益新的掠夺。
对中国主权干涉的如第2条，“妥实保护外国侨寓商民之命产为宗旨，应将东三省向来所施治政即行从事改善”;第4条，“中国政府无论如何措辞，非经日本国应允，不得将东三省地土让给别国或允其占领”;第5条，要求中国在东三省16处开埠通商。掠夺中国新权益的有：第3条，中国政府在东三省各地方保护在日俄战争中阵亡的日军将士的坟茔以及立有忠魂碑之地;第7条，铁路经营权，中国政府应允战争期间日本非法修筑的由安东至奉天省城、奉天省城至新民屯的铁路仍由日本政府继续经营;第8条，森林砍伐权，中国政府将与朝鲜交界的中国鸭绿江沿岸的森林砍伐权让与日本;第9条，内河航行权，中国政府允许各国船只在辽河、鸭绿江、松花江以及各该支流任便驶行;第10条，渔业权问题，中国政府允将奉天省沿海渔业权让日本臣民。
对日本干涉中国主权及对中国权益的掠夺，中国代表除第3条、第6条、第11条外或极力驳斥要求删去，或给予种种限制。如第2条，中国代表认为有日本干涉内政之意，应删去;第4条有碍中国主权应删去;第5条东北开埠通商问题，中国代表修改为由中国自行宣布为自开商埠，中国自定开埠章程;第8条，关于森林采伐权，中国代表进行限制，修正为：中国政府允许设一合办木植公司，应行划定采伐地界至地段广狭年限多寡;第9条，内河航行权问题，中国代表修正为“在指定开设商埠地方均可照内港行船章程办理”;第10条，渔业权问题，中国代表认为该地方人民以渔业为生，如让与日本则使他们无以生计，因此应该删去。
除此之外，中国代表还向日本方面提出了七项要求，即：第一项，要求日本军队从速撤离，“应请日本国政府将现驻扎军队从速撤退，自日俄定约之日起，除旅大租界外于十二个月内一律全撤”。至于保护铁路之兵队，“由中国政府特选精锐分段驻扎巡护”。第二项，退还或赔偿侵占中国的公私财产，“中国政府为尊重主权起见，应请日本国政府将因变乱或军事，所有日本官民强占擅管中国各项公私权利产业地方，均即退出交还。若系有意损坏强取擅用公私财产，应有两国委员会会同查明，分别补还，以昭公允”。第三项，在日本军队尚未撤完之时，中国方面得以酌派军队驻扎，以弹压地方，防剿土匪。第四项，所有奉省所属铁路之矿产，无论已开未开，均应妥定公允详细章程，以便彼此遵守。第五项，“所有奉省已开办商埠暨难允开埠尚未开办各地方，其划定租界各办法，应有中国官员另行妥商厘定”。第六项，恢复中国营口主权，“营口向驻之中国官应立即饬令赴任视事，所有事权一如未经占据以前完全无缺”。第七项，交收奉天税捐，“日本国军官前代收奉天税捐等项，应即交还该地方官，以备地方善后之需”。
由此可见，中国代表并非被动地接受日本方面提出的条件，而是极力维护中国主权和阻止日本对中国的进一步掠夺，并向日本提出我国的正当要求。
谈判从1906年11月7日起，到12月22日签约，共持续了一个半月，会议进行了22次，签订了《中日会议东三省事宜》正约三款和附约十二款。正约三款实际上是中国政府承认日俄《朴斯茅茨条约》中关于沙俄转让给日本在“南满”的利益，这是中日谈判的主旨。附约十二款实际上是中日双方互相妥协的产物。在中国代表的斗争、妥协下，日本新的侵略要求得以部分实现。对照日方第一次会议提出的十一条要求，除第三款、第六款、第十一款为中国政府接受外，其余的或删去，或做了修正。日本方面从附约中取得的新权益主要是：第八款，“中国政府允南满洲铁路所需各项材料，应豁免一切税捐厘金”;第十款，即森林砍伐权，“中国政府允许设一中日木植公司，在鸭绿江右岸地方采伐木植，至该地段广狭年限多寡暨公司如何设立并一切合办章程，应另订详细合同”。日本原十一条方案中的第五条、第七条，经过中方的努力，做了修正：第五条是开埠通商问题，日俄军队撤离东北后，东北16处地方由“中国自行开埠通商”;第七条即非法修筑的铁路继续经营问题，体现在附约第六款中，“中国政府允将由安东县至奉天省城所筑造之行军铁路，仍由日本国政府接续经管，改为转运各国工商货物。自此路改良竣工之日起，以十五年为期，即至光绪四十九年止，届期彼此公请一他国公估人，按该路建制各物件估价售与中国。未售以前，准由中国政府运送兵丁饷械，可按东省铁路章程办理”。
对中国代表提出的要求，日本方面也不得不部分接受。如附约第三款，恢复行使中国主权问题，“日本军队撤毕，则中国政府可得在各该地方酌派军队以维护地方治安。日本军队未撤退地方，倘有土匪扰害闾阎，中国地方官亦得以派相当兵队前往剿捕，但不得进距日本驻兵界限二十华里以内”;第四款，退还占有中国公私产业问题，“日本国政府允因军务上所必需，曾经在满洲地方占领或占用之中国公私各产业，在撤兵时悉还中国官民接受其属，无需备用者，即在撤兵以前亦可交还”;对于中国要求日本撤退护路兵的要求，日本百般狡辩，提出前提条件，附约第二款“如俄国允将护路兵撤退，或中俄两国另有商订妥善办法，日本政府允即一律照办……”
实际上是不撤退其护路兵，这就为其将一部分军队留在东北找到了合法的依据。总之，中日关于东三省的谈判斗争是相当激烈的，以袁世凯为首的中国代表为恢复行使我国在东北的主权，抵制日本的进一步掠夺做出了一定努力。但在当时的历史条件下，在日本以战胜国和“示恩”于中国的姿态与中国谈判的前提下，虽然中国代表竭尽全力，但仅通过外交谈判不可能完全制止日本对中国进一步掠夺。
关于中日谈判的情况，参与谈判的曹汝霖后来回忆说：“后商旅大租借权问题，袁全权说，应将俄国已享之年限扣除，为日本继承之年限。小村(日本外务大臣小村寿太郎——引者)略有辩论，即同意袁全权的意见……后袁全权提议铁路附属地，日本人经商应有范围，驻兵应有限制。驻兵目的为护路，不能随时增加。小村谓虽为护路之用，亦有保护侨民之任务，故不能加以限制。袁全权谓保护日本侨民，中国同负责任，何必多派兵……”
对于袁世凯在谈判会议中极力维护中国主权的主张和行为，日本方面大为不满。会后，小村对曹汝霖说：“此次我抱有极大希望而来，故会议时极力让步，我以为袁宫保必有远大见识眼光，对于中日会议后，本想与他作进一步讨论两国联合对抗俄国之事，不意袁宫保过于保守，会议时咬文嚼字，斤斤计较，徒费光阴，不从大处着想。”
从日本人的反应来看，袁世凯在谈判中确实为维护中国权益使之少受侵夺做了努力。曹汝霖的回忆，与《清光绪朝中日交涉史料》、《清季外交史料》所载会议记录是一致的，因此是可信的。
尽管袁世凯在中日谈判中极力维护中国权益，使之少受损失，将日本的权益限制在一定的范围之内，但日本从来是不讲信用的，条约对其的约束力是有限的。尤其是日本以打败俄国后以“示恩”于中国自居，对中国步步进逼。不久日本又与俄国和解，日、俄协调一致，共谋侵夺我东北权益，引发东北危机、中华民族危机。关于东北危机的情形，如后来徐世昌等在考察东北的上奏中所说：“东三省比岁以来，叠遭变故，创巨痛深，为二百余年所未有。”“自日、俄战定，两强势力分布南北，一以哈尔滨为中心，一以旅顺大连湾为根据，囊括席卷，视同固有。名为中国领土，实则几无我国容足之地。且其开拓展布，有进无退。恐不数年间，而西则蔓延蒙古，南则逼处京畿，均在意计之内。盖根本既定，则以高屋建瓴之势，破竹而下，固地理形胜有以使之然也。事实至此，犹不亟图挽回之术，则此后大局益将无可措手。”
