皇太极决定打破民族界限,选拔汉族中的优秀人才为国效力。天聪七年七月一日,皇太极命令分隶满洲各旗所属汉人壮丁,每十名抽一丁披甲入伍,共有一千五百八十人组成一旗汉兵,由汉官马光远统领,旗帜为黑色。这是后金正式组建汉军的开始。崇德二年七月,皇太极又将一旗汉军分为左右翼两旗:以汉官石廷柱为左翼固山额真,马光远为右翼固山额真,并按照满八旗的体例编壮丁为牛录。
崇德四年六月,皇太极再将汉军两旗分为四旗,每旗设牛录十八人,固山额真一人,梅勒章京两人,甲喇章京四人。四旗共计七千人左右。崇德七年六月,皇太极将汉军四旗改为八旗,旗色、名称、官员设置与满洲八旗相同,所不同的是,汉军八旗的旗主可以由皇帝随时撤换任命,而满洲八旗旗主之位则是世袭。同年八月,孔有德、耿仲明、尚可喜上奏“以所部兵随汉军旗下行走”,皇太极欣然同意。其实皇太极早就想将三王麾下数万汉兵编入八旗,无奈在三王归附的条件中,自己亲口允诺过让他三人各将所部之兵,自成系统,怎可出尔反尔?如今大势所趋,三王主动提出编入汉军八旗,可谓正中皇太极下怀。
皇太极创建汉军八旗,可谓用心良苦:扩大兵源,以汉攻汉,只是表面现象,更深一层的用意在于:削弱满洲八旗诸王贝勒的权势,打破他们对军队的垄断,削弱他们手中的权力,从而巩固皇权。从另一个层面上理解,皇太极显然意识到了其所统治范围内满、蒙、汉之间复杂的民族关系,创建蒙古八旗和汉军八旗,从法律和制度上确立了一种联合平等的关系。这样一来,不仅标志着以满族贵族为核心的,与汉、蒙封建地主阶级联合统治的基础更加广泛了,而且为清朝二百六十多年的统治打下了牢固的根基。