公元1856年,中国爆发了第二次鸦片战争,八国联军向清廷的首都北京逼近。咸丰皇帝带着慈安和慈禧逃亡热河,此行,肃顺也在其中。而他们没有想到的是,此次热河之行,竟成了咸丰和肃顺的死因。1861年,咸丰皇帝在热河得了重病,眼看不治,他就把肃顺、载垣、端华等人召到跟前,任命他们为顾命大臣,辅佐小皇帝的执政。不久,咸丰病逝。这个时候,野心勃勃的慈禧被封为了太后,她迫切地想要夺取最高权力,所以在这个过程中,她和咸丰任命的“顾命八大臣”产生了尖锐的矛盾,双方势力水火不容。但是慈禧只不过是一个后宫的太后,想要扳倒先帝任命的大臣,实属不易。所以在这个时候,她想到了恭亲王奕䜣。奕䜣在咸丰皇帝离开北京前,被任命为留守,在北京处理和八国联军之间的关系。但是他的权力也被顾命大臣们威胁,急着想要除掉他们。就这样,两个人一拍即合。同时,慈禧还联络了僧格林沁和文祥,进一步加强了她的势力。八国联军退出北京,慈禧就提出要护送咸丰皇帝的灵柩返回北京,让小皇帝同治在北京登基。肃顺没有拒绝的理由,就只好同意。大队人马走到一般的时候,慈禧又提出皇帝年幼,不堪旅途疲惫,走小路赶往北京。
慈禧比肃顺等人提前四天到达北京,她趁肃顺护送先帝灵柩的队伍还没有到达时候,立即发动政变,率先逮捕了顾命大臣的载垣和端华。然后又派兵去捉拿肃顺。当时,肃顺的队伍正好行进到密云,就被慈禧太后派来的军队逮捕。不久,肃顺就被冠以谋反罪,在菜市口被斩首。肃顺死的时候,年仅四十五岁。肃顺之死,沉重地打击了咸丰顾命大臣们的势力,从而使得慈禧开始登上了权力的巅峰。
由于咸丰皇帝的突然驾崩,让年仅六岁的同治皇帝继承大统。新皇帝年幼,自然不可能亲理政务,所以大权就落在咸丰委托的“顾命八大臣”的手里。但是另一方面,被封为太后的慈禧也想着垂帘听政,所以和顾命八大臣之间的矛盾不可避免。公元1861年,慈禧太后联合恭亲王奕䜣发动“辛酉政变”,在短短的六天时间里,铲除了顾命八大臣。八大臣之首肃顺被逮捕,不久就被扣上了谋反的罪名,押赴菜市口斩首。同时八大臣之中的载垣、端华也被迫自杀在宗人府里。
那么肃顺死后,他的后人何在呢?在史料中,我们并无法找到他的后人的去处,甚至连名字都没有记载。但是我们可以来进行一番推论。首先,肃顺是和硕郑亲王济尔哈朗的后代。清初,努尔哈赤设立铁帽子王的爵位,世袭罔替。也就是说,其实肃顺和当时的咸丰皇帝、同治皇帝在一定程度上是亲戚,也就是宗室。虽然,肃顺并没有继承铁帽子王的爵位,但好歹也是姓爱新觉罗的。所以纵使在肃顺被杀后,他的后代应该也不至于一起被杀。众所周知,慈禧太后是心狠手辣闻名的,对于像肃顺这样的政治对手,她又怎么可能让他的后代继续在朝廷中当官呢?那明显是不太可能的。而且试想一下,古时候谋反是多大的罪?就算家族、后人没有被株连,肯定也没有什么好果子吃。所以,肃顺的后代,可能在这次政变中有幸存活下来,但有很大可能也是被慈禧发配充军或者流放了。在史料中找不到任何关于肃顺后代的资料,想必济尔哈朗这一脉的后代,已经消失在滚滚的历史烟尘中了。